当機構は、平成16年度から、産業活動に伴い、依然として多くの労働災害が発生している疾病、又は産業構造・職場環境等の変化に伴い、勤労者の新たな健康問題として社会問題化している疾病について、平成25年度まで13分野の課題に対してモデル医療やモデル予防法の研究・開発、普及に取り組んできました。　
平成26年度からは、労災補償政策上重要なテーマや新たな政策課題について、時宜に応じた研究に取り組むため、３領域に集約化し、研究を行っています。